Zánik města
Proč a kdy bylo město opuštěno zůstává nevyřešenou záhadou. Peruánský vědec Dr. Victor Angles Vargas předpokládal, že město muselo být opuštěno již během 15. století před příchody Španělů do Peru, jinak by o jeho existenci musela být zmínka ve španělských kronikách. Existuje řada domněnek, které se snaží odchod Inků vysvětlit. Mezi nejpřijímanější tři teorie patří válka mezi znepřátelenými kmeny s následným vyvražděním celé komunity, epidemie, či znesvěcení posvátného místa. Jelikož ale Inkové nepoužívali psané písmo a ústní legendy o městě se nedochovaly, je možné, že pravý důvod zmizení populace města, nebude nikdy vysvětlen.
Jako nepravděpodobný se jeví masakr populace Machu Picchu španělskou armádou, jelikož město se zachovalo do dnešních dní v dobrém stavu a neponičené. Současně se předpokládá, že ani okolo žijící kmeny v té době nedisponovaly dostatečnou silou a technikou, aby mohly strategicky umístěné město dobýt. Pravděpodobnější se jeví případná potyčka mezi samotnými Inky s následným vyvražděním poražených. Mezi Inky bývalo časté, že v případě porážky soupeře došlo k pozabíjení všech pozůstalých. V místě ruin se však nenašly žádné známky masového vyvraždění populace.
Druhá hojně rozšířená teorie předpokládá, že populace města vymřela jako následek některé z epidemií, které byly toho času v jižní Americe četné. Během archeologických průzkumů prováděných Binghamem byla objevena kostra bohaté ženy jevící známky syfilidy. Pokud došlo k rozšíření mezi celou populaci, mohlo město pomalu a postupně vymřít. V případě zasažení morem či malárií, mohlo dojít k vymření města během několika týdnů. Nicméně v okolí města se nenašlo větší množství známek, které by svědčily o smrtící epidemii ve městě jako například stejné známky výskytu nemoci na více kostrách.
Třetí nejvíce přijímaná teorie předpokládá, že Inkové město dobrovolně opustili z nějakého důvodu. V okolí města se našlo pouze okolo 250 lidských ostatků, což za předpokladu populace do tisíce lidí obývající město, je velice nízký počet, jelikož kdyby město bylo obýváno po několik staletí, musel by počet ostatků jít do několika tisíců. Co by ale vedlo Inky k dobrovolnému odchodu je předmětem hypotéz. Mohlo se jednat o náboženský problém, znesvěcení svatého místa či neochoty obyvatelstva setrvávat ve městě například z nedostatku jídla či pomalého vymírání populace stářím.
Panují i názory, že město nebylo nikdy skutečně dostavěno a tedy používáno, o čemž mají svědčit některé nedostavěné budovy či velký kvádr uprostřed města, který zdánlivě nezapadá do koncepce města. Důvod, proč by případně Inkové město nedostavěli, by mohl být náboženského ražení. Inkové mohli nabýt dojmu, že si bohové nepřejí dostavění města a jeho obývání a tak zanechali stavby.